为贯彻落实《全民科学素质行动计划纲要实施方案（2011-2015年）》，为广大公众提供更好的服务，中国数字科技馆经过精心策划和筹备，在2012年“七一”到来之际，再次对网站进行了改版。
新版网站新增了欢迎页，细分了用户人群，提供了公众版、儿童版、科普机构、手机版、手机客户端、手机报、科技博览、资源征集、英文版等不同入口，为不同人群提供更有针对性、更具特色的科普服务。
新版网站新增了欢迎页，细分了用户人群，提供了公众版、儿童版、科普机构、手机版、手机客户端、手机报、科技博览、资源征集、英文版等不同入口，为不同人群提供更有针对性、更具特色的科普服务。

新版推出的手机报功能，是中国数字科技馆创新科普服务形式的新举措。中国数字科技馆手机报分为普刊和特刊两大类。普刊为周刊，主要面向公众及科普工作者传播最新科技资讯和科普知识，设有最新科技资讯、科学热点事件解读、讲解生活中的科学知识、介绍最新创意科技产品等精彩内容。特刊是针对特定的科普热点进行专题设计制作的手机报，今年是食品安全主题，在食品安全周期间每日一期，之后改为周刊。中国数字科技馆手机报还具备与公众互动的多种特色功能，包括科普活动通知报名等互动功能。

新版网站（公众版）继续以蓝色为主色调，页面风格更加简洁清新，页面布局更加合理，栏目划分更加清晰。